最常用的染料有Cy (Cyanine) 系列、FITC、藻红蛋白类（PE）及罗丹明等。
FITC（异硫氰酸荧光素）：绿色530nm；
PE（藻红蛋白）：橙黄色575nm；
PerCP（多甲藻黄素叶绿素蛋白）：深红色675nm；
PI（碘化丙啶）：橙红色620nm；488nm波长的氩离子激光激发；
APC（别藻青蛋白）：红色660nm；630nm波长的氦氖激光或红色二极管激光激发。
CY（花菁染料）：红色656.81波长：620nm；
荧光标记所依赖的化合物称为荧光材料。荧光材料是指具有共轭双键系统化学结构的化合物。当受到紫外线或蓝紫光的照射时，它可以被刺激为刺激状态。当激发状态恢复到基本状态时，它会发出荧光。蛋白质荧光标记技术利用荧光材料的共价结合在目标分子的基团上，利用其荧光特性提供研究对象的信息。
活性荧光染料，如FITC、7-氨基-4-甲基香豆素(AMC)、罗丹明B(RhodamineB)或AlexaFluor染料，可用于标记抗体或蛋白质功能基团，生成分子探针，并通过荧光成像进行检测。当用荧光染料化学标记特异性抗体或其他纯化生物分子时，它们成为用于检测靶抗原或相互作用配偶体的荧光探针，用于细胞成像、流式细胞手术、蛋白质痕迹和酶联免疫吸附实验(ELISA)。由于荧光标记物具有无放射物污染、操作简单等优点，在蛋白质功能研究、药物筛选等许多研究领域得到了越来越广泛的应用。
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